Pengendalian hama pepaya harus dilakukan secara terpadu dengan mengutamakan prinsip pencegahan dan pemantauan rutin setiap tiga hari sekali. Pembersihan gulma di sekitar perakaran pepaya sangat penting karena sering kali menjadi tempat persembunyian hama alternatif sebelum berpindah ke tanaman utama. Selain itu, pengaturan jarak tanam minimal dua setengah meter antar pohon membantu sirkulasi udara berjalan lancar dan mengurangi kelembapan berlebih yang disukai oleh hama pengisap. Sanitasi kebun yang baik secara konsisten terbukti mampu menurunkan populasi hama hingga separuhnya tanpa harus bergantung penuh pada bahan kimia.
Pendekatan mekanis dan biologis menjadi pilihan utama sebelum mempertimbangkan penggunaan pengendali kimiawi di lahan pertanian. Pemasangan perangkap kuning lekat di antara tajuk pepaya efektif untuk menangkap kutu kebul dan lalat buah dewasa yang aktif terbang pada pagi hari. Pemanfaatan musuh alami seperti kumbang predator dan laba-laba juga harus dijaga kelestariannya dengan cara meminimalkan penggunaan pestisida spektrum luas yang dapat membunuh organisme bermanfaat. Apabila ditemukan daun atau buah yang terserang parah, segera petik bagian tersebut dan kubur dalam tanah untuk memutus siklus hidup hama.
Penerapan budidaya yang sehat dimulai dari pemilihan bibit unggul bebas penyakit serta pemupukan berimbang yang mengandung unsur hara makro dan mikro yang cukup. Pemberian pupuk organik padat setiap tiga bulan sekali membantu memperkuat ketahanan dinding sel tanaman pepaya terhadap tusukan hama pengisap. Apabila terpaksa menggunakan bahan pengendali kimiawi, pastikan untuk selalu membaca petunjuk pada label kemasan dengan teliti dan berkonsultasi langsung dengan petugas penyuluh pertanian lapangan di BPP setempat. Keselamatan kerja dan kelestarian lingkungan sekitar kebun harus selalu diutamakan dalam setiap tindakan perlindungan tanaman.