Salah satu ancaman utama adalah serangan kutu putih yang sering melonjak pada musim kemarau panjang. Kutu putih mengisap cairan sel daun dan menghasilkan embun jelut yang dapat menutupi hingga 80 persen permukaan daun pepaya, mengganggu proses fotosintesis secara drastis. Sementara itu, serangan tungau merah memicu daun menjadi kaku, tebal, dan melengkung ke bawah akibat rusaknya jaringan sel epidermal daun bagian bawah.
Lalat buah menjadi masalah krusial pada buah pepaya yang berumur 3 sampai 4 bulan atau mendekati masa matang fisiologis. Lalat betina menyuntikkan telur ke dalam kulit buah, lalu larva yang menetas akan memakan daging buah dari dalam sehingga menyebabkan pembusukan lunak dan buah gugur prematur sekitar 1-2 minggu sebelum jadwal panen normal.
Pengendalian hama pepaya yang bijak menerapkan prinsip Pengendalian Hama Terpadu (PHT). Praktik ini meliputi pemangkasan daun tua yang berjarak kurang dari 30 cm dari permukaan tanah, pembungkusan buah muda, penggunaan perangkap atraktan, serta menjaga populasi musuh alami seperti kumbang koksinel dengan meminimalkan penggunaan bahan kimia sintetis secara berlebihan.
