Penyebab pertama yang paling sering ditemui saat musim kemarau adalah stres kekeringan akibat penguapan yang terlalu tinggi. Pepaya membutuhkan pasokan air yang stabil, sekitar 20 hingga 30 liter air per pohon setiap tiga hari sekali pada fase pertumbuhan aktif di tanah berpasir. Ketika tanah mengalami kekeringan total selama lebih dari seminggu, jaringan vaskular tanaman gagal mendistribusikan nutrisi sehingga daun tua menguning dan terkulai lemas. Namun, jika penyiraman sudah dilakukan secara rutin namun tanaman tetap layu, kita harus mencurigai adanya gangguan patogen tular tanah yang merusak sistem perakaran.
Patogen utama penyebab layu pada pepaya di iklim tropis Indonesia adalah infeksi jamur tanah yang menyerang pangkal batang atau bakteri yang menyumbat pembuluh xilem. Jamur ini biasanya berkembang biak sangat subur di lahan yang drainasenya buruk dan memiliki kelembapan tinggi, sementara bakteri layu sering masuk melalui luka mekanis akibat alat potong atau gigitan hama. Ciri khas serangan patogen ini adalah daun pepaya layu secara permanen meskipun tanah di sekitar perakaran dalam kondisi basah kuyup. Jika dibiarkan, jaringan batang bagian bawah akan membusuk, mengeluarkan bau tidak sedap, dan tanaman akan mati dalam hitungan minggu.
Langkah penanganan yang efektif harus dimulai dengan membedakan gejala fisik pada batang dan tanah, lalu menerapkan tindakan sanitasi yang ketat. Cabut dan musnahkan dengan cara dibakar tanaman yang sudah terserang parah untuk mencegah penularan spora ke tanaman pepaya sehat di sekitarnya. Untuk pencegahan jangka panjang, pastikan pembuatan bedengan memiliki drainase yang baik setinggi 30 sentimeter agar air tidak menggenang saat hujan badai tiba sesekali di musim kemarau basah. Selalu gunakan bibit unggul bersertifikat dan hindari melukai pangkal batang saat melakukan penyiangan gulma di sekitar piringan tanaman.