Gejala awal busuk akar sering kali menyerupai kekurangan unsur hara, di mana daun bagian bawah mulai menguning, layu pada siang hari meskipun tanah basah, dan pertumbuhan tanaman secara keseluruhan menjadi kerdil. Jika kita membongkar pangkal batang atau mencabut akar tanaman yang sakit, akar utama akan terlihat berwarna coklat kehitaman, lunak, berbau busuk, dan bagian kulit akar mudah terkelupas dari kayu bagian dalamnya. Kerusakan sistem perakaran ini membuat tanaman tidak mampu menyerap air dan nutrisi yang dibutuhkan untuk bertahan hidup.
Untuk mengatasi masalah ini, langkah pertama yang wajib dilakukan di lapangan adalah membuat saluran drainase atau parit keliling di sekitar bedengan untuk membuang kelebihan air hujan secepat mungkin. Selain itu, aplikasikan teknik pembuatan bedengan tinggi minimal 30 sentimeter sebelum menanam pepaya agar zona perakaran tidak terendam saat curah hujan sangat tinggi. Pemangkasan daun yang terlalu rimbun juga dianjurkan untuk mengurangi penguapan dan beban tanaman yang sedang mengalami stres akibat gangguan pada akarnya.
Pencegahan jangka panjang jauh lebih efektif daripada mengobati tanaman yang sudah parah terserang busuk akar di musim hujan. Petani disarankan untuk mencampurkan bahan organik matang yang kaya mikroorganisme baik ke dalam lubang tanam guna menekan populasi patogen tular tanah secara alami. Hindari penggunaan pupuk nitrogen berlebih pada puncak musim hujan karena dapat memicu pertumbuhan vegetatif yang terlalu cepat dan melunakkan jaringan tanaman, sehingga lebih mudah diserang oleh berbagai jenis penyakit.