Gejala awal pembusukan sering kali luput dari pengamatan karena terjadi di dalam tanah. Petani umumnya baru menyadari masalah ini ketika daun-daun bagian bawah mulai menguning dan terkulai layu secara mendadak pada siang hari. Jika kebun tergenang air setinggi 5 sentimeter saja selama 2 hari berturut-turut, sistem perakaran pepaya akan mengalami asfiksia atau kekurangan oksigen, yang membuat akar mudah terinfeksi fungi dan bakteri merugikan hingga membusuk total dalam waktu 7 hingga 14 hari.
Penanganan masalah akar busuk membutuhkan tindakan cepat dan terpadu sebelum infeksi meluas ke seluruh areal perkebunan. Pembuatan guludan setinggi 50 hingga 70 sentimeter dengan lebar tapak 1 meter sangat dianjurkan untuk menjaga zona perakaran tetap berada di atas permukaan air tergenang. Pengaplikasian bahan organik terkomposkan sebanyak 10 hingga 15 kilogram per lubang tanam yang diperkaya agens hayati Trichoderma sp. sebanyak 100 gram per tanaman terbukti efektif menekan populasi patogen tanah secara alami.
Selain tindakan teknis di lapangan, sanitasi kebun secara berkala setiap 3 hari sekali selama musim hujan merupakan langkah krusial yang tidak boleh diabaikan. Tanaman pepaya yang sudah terinfeksi parah hingga pangkal batangnya membusuk harus segera dibongkar, dikeluarkan dari areal perkebunan, dan dimusnahkan agar tidak menularkan spora jamur ke tanaman sehat di sekitarnya. Pengaturan jarak tanam ideal 2,5 x 2,5 meter juga membantu sirkulasi udara di sekitar perakaran tetap terjaga dengan baik.
