Salah satu gangguan utama adalah serangan kutu putih dan kutudaun yang mengisap cairan pada pucuk daun muda serta dompolan bunga buni. Hama ini mengekskresikan cairan manis yang memicu tumbuhnya jamur embun jelut, ditandai dengan lapisan hitam mirip jelaga pada permukaan daun. Jika ditutupi embun jelut melebihi 30 persen dari total tajuk, proses fotosintesis tanaman akan terganggu secara drastis sehingga pertumbuhan buah buni menjadi kerdil dan mudah rontok.
Serangan lalat buah menjadi ancaman serius berikutnya ketika buah buni mulai memasuki fase pematangan pada bulan Agustus hingga November. Lalat buah betina menyuntikkan telurnya ke dalam kulit buah buni yang mulai melunak, lalu larva yang menetas akan memakan daging buah dari dalam hingga membusuk dan gugur 1 hingga 2 minggu sebelum masa panen ideal. Tanpa tindakan pencegahan, kerusakan akibat lalat buah dapat memicu kerugian hingga 70 persen dari total dompolan buah pada satu pohon.
Pengendalian hama buni secara terpadu dapat dilakukan dengan kombinasi sanitasi kebun, pemangkasan tajuk sebesar 20 sampai 25 persen untuk membiarkan sinar matahari masuk, serta pemasangan 2 hingga 4 perangkap perekat kuning per pohon. Penyemprotan bahan hayati atau pestisida nabati berbasis minyak mimba atau sabun kalium sebaiknya dilakukan secara rutin setiap 7 sampai 10 hari sekali pada pagi hari sebelum pukul 09.00 WIB. Pengelolaan yang disiplin sepanjang tahun akan memastikan pohon buni tetap produktif dan menghasilkan buah yang sehat.