Tanaman nanas yang terserang busuk akar biasanya menunjukkan gejala fisik pada bagian atas tanah, seperti daun bagian bawah yang berubah warna menjadi kuning kemerahan, ujung daun mengering, serta pertumbuhan bibit yang kerdil. Jika tanaman dicabut, sistem perakaran yang sehat berwarna putih kekuningan akan berubah menjadi cokelat kehitaman, lunak, berbau busuk, dan dengan mudah terkelupas dari bagian inti akar.
Untuk mencegah menyebarnya serangan busuk akar di lahan seluas 1 hektar, pembuangan saluran drainase primer dan sekunder dengan kedalaman minimal 50 sentimeter sangat dianjurkan agar air tidak menggenang di sekitar gulutan. Pengolahan tanah yang baik dengan pembuatan gulutan setinggi 30 hingga 40 sentimeter sebelum penanaman bibit di awal musim hujan akan menjaga aerasi tanah tetap optimal bagi perakaran nanas.
Selain tindakan fisik, aplikasi agens hayati Trichoderma sp. sebanyak 20 hingga 30 gram per lubang tanam saat pemupukan dasar dapat menekan perkembangan patogen tanah secara alami. Jika tingkat serangan di area pertanaman sudah melebihi 10 persen dari total populasi, tindakan sanitasi dengan membongkar tanaman yang sakit dan membakarnya di luar area kebun harus segera dilakukan untuk memutus siklus infeksi.
