Selain faktor penyiraman, kekurangan unsur hara mikro seperti magnesium dan besi menjadi pemicu utama klorosis atau pemucatan daun. Ketika kadar kelembapan tanah turun di bawah 40 persen selama kemarau panjang, penyerapan hara oleh akar tanaman menjadi terhambat secara signifikan. Pemupukan rutin menggunakan kompos matang sebanyak 10 hingga 15 kilogram per pohon setiap tiga bulan sekali sangat dibutuhkan untuk memperbaiki struktur tanah dan menjaga ketersediaan hara.
Serangan hama pengisap seperti kutu daun dan tungau merah juga melonjak tajam pada musim kemarau akibat kelembapan udara yang rendah. Kutu pengisap cairan daun ini merusak sel klorofil sehingga timbul bercak kekuningan berukuran 1 hingga 2 milimeter pada permukaan daun muda. Pemasangan perangkap kuning sebanyak 10 hingga 15 lembar per hektar sangat efektif menekan populasi hama ini sebelum meluas.
Ancaman paling berbahaya bagi perkebunan jeruk di Indonesia adalah serangan penyakit Huanglongbing (HLB/CVPD) yang ditularkan oleh vektor kutu loncat (Diaphorina citri). Penyakit ini menyebabkan tulang daun tetap hijau sedangkan helaian daun menguning secara tidak simetris (mottling). Penanganan cepat melalui pemangkasan bagian terinfeksi dan sanitasi kebun secara berkala setiap dua minggu sekali sangat krusial untuk mencegah penularan ke tanaman sehat lainnya.
