Pertama, penyakit CVPD (Citrus Vein Phloem Degeneration) atau Huanglongbing (HLB) yang disebabkan bakteri Candidatus Liberibacter. Gejala khas: daun menguning dengan urat hijau (blotchy mottle), buah kecil asimetris dengan rasa pahit, dan penurunan produksi. Penyakit ini ditularkan oleh kutu loncat (Diaphorina citri). Solusinya: cabut dan bakar pohon terinfeksi berat, kendalikan vektor dengan insektisida sesuai rekomendasi BPP, dan gunakan bibit bersertifikat bebas penyakit.
Kedua, penyakit jamur seperti Diplodia (batang mengering, getah keluar) dan Antraknosa (daun bercak coklat, buah busuk). Diplodia menyerang batang dan cabang, terutama pada luka. Antraknosa muncul sebagai bercak coklat melingkar dengan tepi kuning pada daun dan buah. Pengendalian: pangkas bagian sakit, oleskan fungisida tembaga pada luka (ikuti label), perbaiki drainase, dan jangan terlalu rapat dalam penanaman agar sirkulasi udara baik.
Ketiga, penyakit bakteri seperti kanker jeruk (Xanthomonas citri) dengan gejala bercak gabus pada daun, buah, dan batang. Bercak berwarna coklat dengan halo kuning, pada buah bisa pecah. Penyakit ini menyebar melalui percikan air hujan dan alat pangkas. Solusi: gunakan bibit sehat, semprot bakterisida berbahan tembaga pada awal musim hujan, lakukan sanitasi kebun, dan hindari pemangkasan saat basah.