Penyakit utama yang menyerang jambu biji di musim hujan antara lain antraknosa (Colletotrichum gloeosporioides), busuk buah (Phytophthora sp.), dan bercak daun (Cercospora psidii). Gejala awal sering berupa bercak cokelat kehitaman pada buah atau daun. Perbedaan terletak pada bentuk dan perkembangan gejala. Antraknosa menghasilkan bercak melingkar dengan tepi jelas, sedangkan busuk buah menyebabkan buah lunak dan berair dengan miselium putih. Bercak daun Cercospora berbentuk bulat kecil dengan pusat putih keabuan.
Pengendalian utama adalah dengan praktik budidaya yang baik. Pastikan drainase lahan lancar agar tidak tergenang. Lakukan pemangkasan cabang dan daun yang rapat untuk meningkatkan sirkulasi udara. Sanitasi kebun dengan membersihkan buah dan daun yang jatuh setiap minggu. Untuk pencegahan, semprotkan fungisida berbahan aktif tembaga atau mankozeb sesuai dosis anjuran pada label, terutama saat awal musim hujan. Konsultasikan dengan penyuluh BPP setempat untuk rekomendasi produk dan dosis yang tepat.
Jika gejala sudah parah, segera pisahkan tanaman yang terinfeksi parah untuk mencegah penularan. Aplikasi fungisida sistemik seperti benomil atau propikonazol dapat dilakukan dengan interval 7-10 hari, tetapi perhatikan masa henti sebelum panen. Alternatif ramah lingkungan adalah menggunakan agens hayati seperti Trichoderma sp. atau Bacillus subtilis yang diaplikasikan ke tanah dan daun. Jangan lupa untuk meningkatkan ketahanan tanaman dengan pemupukan berimbang, terutama kalium dan kalsium, agar buah tidak mudah busuk.