Hama utama yang paling mematikan bagi produksi buah adalah lalat buah, yang dapat menyebabkan kerugian hingga 80 persen jika tidak diantisipasi. Lalat betina menyuntikkan telurnya ke dalam buah jambu muda berukuran diameter 2 cm, yang kemudian menetas menjadi larva dan memakan daging buah dari dalam hingga busuk dan gugur sebelum masak.
Selain lalat buah, gangguan pada vegetatif seperti kutu putih, ulat pemakan daun, dan penggerek batang sering muncul intensif pada peralihan musim hujan ke kemarau. Pemangkasan tajuk tanaman setiap 2 hingga 3 bulan sekali sangat efektif untuk mengurangi kelembapan mikro di sekitar pohon yang menjadi tempat bersembunyi hama-hama tersebut.
Pengendalian Hama Terpadu (PHT) secara teratur harus diterapkan dengan melakukan pengamatan rutin minimal 1 kali seminggu pada area bawah daun dan permukaan buah. Mengombinasikan sanitasi kebun, pembungkusan buah secara fisik, dan pemanfaatan musuh alami merupakan kunci utama keberhasilan menjaga kesehatan pohon jambu biji secara berkelanjutan.
