Penyebab utama kegagalan dalam merawat begonia di daerah tropis adalah penyakit busuk batang dan akar yang disebabkan oleh patogen tanah saat media tanam tergenang air lebih dari 24 jam. Sirkulasi udara yang buruk di sekitar rak tanaman hias memperparah penetrasi spora ke dalam jaringan tanaman melalui luka fisik atau stomata. Pengisian pot yang terlalu padat tanpa bahan porositas seperti sekam bakar atau perlit juga mempercepat perkembangan mikroorganisme merugikan ini.
Penyakit foliar seperti embun tepung dan bercak daun bakteri menjadi ancaman serius berikutnya ketika tajuk tanaman terlalu rimbun dan saling bersentuhan. Penyiangan daun tua pada interval 7 hingga 10 hari sekali sangat diperlukan untuk mengurangi kelembapan mikro di sekitar pangkal batang. Penyiraman yang mengenai permukaan daun pada sore hari juga harus dihindari karena air yang mengendap selama lebih dari 4 jam di malam hari menjadi media berkembang biak utama patogen.
Pengendalian penyakit begonia harus mengombinasikan tindakan mekanis, perbaikan pola siram, dan sanitasi lingkungan secara menyeluruh. Penggunaan agen hayati atau pengerukan bagian tanaman yang terinfeksi harus segera dilakukan begitu gejala awal terlihat agar infeksi tidak meluas ke koleksi tanaman hias lainnya dalam waktu singkat. Pemantauan rutin minimal 2 kali seminggu selama musim hujan menjadi kunci utama menjaga kesehatan begonia kesayangan Anda.