Pada fase vegetatif (pertumbuhan daun dan batang), biasanya terjadi awal musim hujan (Oktober-November) atau setelah pemangkasan. Gunakan pupuk dengan kandungan nitrogen (N) lebih tinggi, seperti NPK 15-15-15 atau pupuk kandang yang sudah matang. Berikan setiap 2 minggu sekali sebanyak 1-2 genggam untuk tanaman dewasa, atau 5-10 gram untuk tanaman pot. Siram setelah pemupukan agar nutrisi cepat terserap. Hindari pemupukan saat tanah terlalu kering karena bisa membakar akar.
Memasuki fase pembungaan (biasanya awal kemarau, April-Mei), alihkan ke pupuk tinggi fosfor (P) dan kalium (K), misalnya NPK 10-30-20 atau pupuk khusus bunga. Fosfor merangsang pembentukan kuncup bunga, kalium memperkuat batang dan warna bunga. Berikan setiap 2 minggu sekali dengan dosis sama seperti fase vegetatif. Jika tanaman sudah dewasa dan sehat, Anda bisa menambahkan pupuk organik cair seperti ekstrak rumput laut setiap bulan untuk meningkatkan ketahanan terhadap stres.
Pada fase dorman (musim kemarau ekstrem atau saat suhu turun), kamboja menggugurkan daun dan beristirahat. Kurangi frekuensi pemupukan menjadi sebulan sekali atau bahkan hentikan jika tanaman benar-benar dorman. Berikan pupuk dengan kadar nitrogen rendah, misalnya NPK 5-10-10, untuk menjaga kesehatan akar tanpa merangsang pertumbuhan daun. Jangan memupuk saat tanah sangat kering; siram dulu sehari sebelumnya. Jika kamboja ditanam di pot, perhatikan drainase agar tidak busuk akar.