Penggunaan pupuk begonia harus menyeimbangkan unsur hara makro Nitrogen, Fosfor, dan Kalium. Untuk begonia jenis dedaunan seperti Begonia rex yang menonjolkan warna daun, formula pupuk majemuk berimbang atau pupuk tinggi Nitrogen dapat diberikan secara rutin 1 bulan sekali sebanyak 2-3 gram per pot ukuran sedang berdiameter 15-20 cm. Sedangkan untuk begonia tipe pembungaan seperti Begonia tuberous, rasio hara dengan kandungan Fosfor dan Kalium yang lebih tinggi sangat dibutuhkan menjelang masa pembentukan kuncup bunga.
Pemberian bahan organik berupa kompos matang atau kasgot sebanyak 1-2 genggam per pot setiap 2 bulan sekali sangat efektif menjaga struktur media tanam tetap gembur dan kaya mikroba menguntungkan. Selama musim hujan, frekuensi pemupukan cair sebaiknya dikurangi menjadi 3-4 minggu sekali untuk mencegah penumpukan garam mineral berlebih dan risiko pembusukan akar akibat media yang cenderung basah. Selalu siram media tanam dengan air bersih terlebih dahulu sebelum mengaplikasikan larutan pupuk.
Selain pupuk makro, aplikasi pupuk mikro yang mengandung Besi dan Magnesium melalui penyemprotan daun dapat dilakukan 1 bulan sekali dengan konsentrasi sangat encer. Penyemprotan sebaiknya dilakukan pada pagi hari antara pukul 06.00 hingga 08.00 WIB saat stomata daun terbuka sempurna dan radiasi matahari belum terlalu kuat. Hindari menyemprotkan larutan pupuk langsung ke permukaan daun begonia yang berbulu atau berbeludru pada siang hari karena dapat memicu luka bakar dan bercak kecokelatan.