Penyebab utama busuk akar tomat adalah jamur Phytophthora spp. dan Fusarium spp., serta bakteri Ralstonia solanacearum. Phytophthora menyerang saat drainase buruk dan suhu 20-25°C, menyebabkan akar lembek dan batang dekat tanah menghitam. Fusarium lebih sering di tanah asam (pH <5,5) dengan gejala layu sepihak dan jaringan pembuluh coklat. Ralstonia menyebabkan layu mendadak dan jika batang dipotong, keluar lendir bakteri.
Cara membedakan: gali tanaman yang sakit, cuci akar. Akar busuk karena Phytophthora lunak dan berair; Fusarium membuat akar kering dan berserat; bakteri Ralstonia menghasilkan lendir kental saat batang dipotong melintang. Perhatikan juga pola layu: Phytophthora layu merata, Fusarium layu sepihak, Ralstonia layu total dalam 2-3 hari.
Pengendalian dimulai dari pencegahan: tanam di bedengan tinggi (30 cm) saat musim hujan, perbaiki drainase, dan atur jarak tanam 50x60 cm. Gunakan mulsa plastik hitam perak untuk menekan kelembaban tanah. Rotasi tanaman dengan kacang-kacangan minimal 2 tahun. Untuk tanaman sakit, cabut dan bakar jauh dari lahan. Aplikasi fungisida hayati Trichoderma spp. (2 kg/ha dicampur pupuk kandang) bisa menekan patogen. Jika sudah parah, segera konsultasi dengan penyuluh pertanian setempat.