Penyakit busuk daun dan buah yang disebabkan oleh patogen Phytophthora infestans merupakan salah satu ancaman paling merusak. Gejalanya ditandai dengan munculnya bercak kebasah-basahan berwarna hijau kelabu pada daun muda yang dengan cepat berubah menjadi cokelat kehitaman dan membusuk dalam waktu 3 sampai 5 hari. Pada bagian bawah daun yang terinfeksi, sering ditemukan lapisan putih tipis seperti tepung terutama pada pagi hari saat udara masih sangat lembap.
Selain busuk daun, penyakit bercak kering Alternaria solani sering menyerang daun-daun bagian bawah yang sudah tua. Ciri khas penyakit ini adalah timbulnya bercak cokelat berdiameter 0,5 sampai 1,5 sentimeter dengan pola garis-garis melingkar menyerupai papan sasaran tembak. Jika tidak segera ditangani, daun yang terinfeksi akan menguning, kering, dan gugur secara prematur sehingga buah tomat terpapar sinar matahari langsung secara berlebihan.
Pengelolaan penyakit tomat di musim hujan membutuhkan pendekatan terpadu yang berfokus pada manipulasi lingkungan mikro lahan. Pembuatan guludan setinggi 30 cm, pengaturan jarak tanam minimal 50 cm x 60 cm, serta pemangkasan daun bagian bawah hingga 20 cm dari permukaan tanah sangat efektif menurunkan kelembapan. Aplikasi agen hayati mikrobiologi secara berkala setiap 7 hari sekali juga terbukti menekan perkembangan patogen tular-tanah dan udara.