Ancaman pertama yang sering muncul pada fase pembibitan umur 1 hingga 14 hari setelah tanam adalah penyakit rebah semai. Tingginya intensitas hujan membuat pangkal batang muda menjadi lunak, mengecil, kecokelatan, dan akhirnya roboh secara mendadak. Untuk mencegah infeksi meluas, kerapatan tanam harus diatur dengan jarak minimal 10 hingga 15 sentimeter antar tanaman serta pembuatan bedengan setinggi 30 sentimeter agar drainase air lancar.
Pada fase vegetatif umur 15 hingga 30 hari, penyakit karat putih dan bercak daun Cercospora menjadi musuh utama daun bayam. Karat putih ditandai munculnya tonjolan bintik putih di permukaan bawah daun, sedangkan bercak Cercospora memicu lubang-lubang kecil bertepi merah keunguan. Pengurangan penyiraman langsung dari atas daun pada sore hari sangat efektif menekan spora cendawan agar tidak menyebar ke tanaman sehat.
Pengendalian penyakit bayam secara terpadu mengandalkan sanitasi lahan yang ketat dan aplikasi agen hayati seperti Trichoderma sp. pada tanah 7 hari sebelum tanam. Lakukan rotasi tanaman dengan keluarga non-bayam setiap 2 hingga 3 siklus panen untuk memutuskan rantai hidup patogen tanah. Jika serangan kimiawi diperlukan, gunakan fungisida atau bakterisida sesuai anjuran penyuluh pertanian lapangan setempat.
