Penyakit busuk akar (Phytophthora spp.) sering menyerang saat drainase buruk. Ciri: daun menguning layu, pangkal batang basah dan berbau. Akar membusuk cokelat kehitaman. Solusi: perbaiki drainase, buat guludan setinggi 30-40 cm, kurangi frekuensi penyiraman seminggu sekali saat kemarau, dan aplikasi fungisida berbahan aktif fosetil-Al sesuai label. Jangan menanam di lahan bekas terserang.
Penyakit karat daun (Uromyces spp.) muncul di musim hujan atau kelembaban tinggi. Ciri: bercak kuning oranye seperti serbuk di permukaan bawah daun, daun gugur prematur. Solusi: pruning cabang bawah untuk sirkulasi udara, semprot fungisida berbahan aktif mankozeb atau tembaga hidroksida setiap 10 hari sekali saat gejala muncul, dan musnahkan daun jatuh dengan cara dibakar.
Antraknosa (Colletotrichum spp.) menyerang daun dan buah. Ciri: bercak cokelat kehitaman dengan pinggiran kuning pada daun, buah muda busuk dan mengering. Solusi: gunakan bibit sehat, lakukan sanitasi kebun dengan memotong bagian terserang, dan semprot fungisida berbahan aktif klorotalonil setiap 7 hari sekali saat musim hujan. Tanam jengkol dengan jarak 8x8 meter agar tidak terlalu rapat.