Penyakit utama adalah busuk akar (Fusarium oxysporum f. sp. asparagi) yang menyebabkan tanaman kerdil, daun menguning, dan akar membusuk. Penyakit ini bertahan di tanah selama bertahun-tahun. Karat asparagus (Puccinia asparagi) muncul sebagai bercak oranye pada batang, terutama saat kelembaban tinggi. Bercak daun (Cercospora asparagi) menimbulkan bercak abu-abu kecoklatan pada daun dan batang, yang akhirnya rontok.
Untuk mencegah, tanam varietas tahan seperti 'UC 157' atau 'Purple Passion'. Pastikan drainase baik dengan bedengan tinggi (30–40 cm). Jarak tanam 40–50 cm antar tanaman, 120–150 cm antar baris. Lakukan rotasi tanaman dengan kacang-kacangan atau jagung minimal 3 tahun. Hindari genangan air, terutama di musim hujan.
Pengobatan dimulai dengan memotong dan membuang bagian tanaman yang sakit, lalu bakar di luar lahan. Semprotkan fungisida berbahan aktif tembaga atau mancozeb sesuai petunjuk label, dengan interval 7–14 hari. Konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat atau BPP untuk dosis dan jenis fungisida yang tepat.