Gejala awal busuk akar pada oyong biasanya ditandai dengan layunya daun tanaman pada siang hari meskipun tanah di sekitar perakaran terlihat basah dan lembap. Seiring berjalannya waktu, layu ini menjadi permanen, pangkal batang bawah berubah warna menjadi kecokelatan, dan jaringan akar membusuk berbau tidak sedap.
Untuk mencegah dan mengatasi masalah ini secara efektif, petani harus membuat bedengan dengan tinggi minimal 30 sentimeter agar drainase air lancar dan air hujan tidak menggenang di sekitar pangkal batang. Pembuatan saluran drainase yang baik di sekeliling lahan pertanian sangat menentukan keselamatan tanaman oyong.
Selain pengaturan air, menjaga kesehatan tanah melalui penambahan bahan organik matang sebanyak 1 kilogram per lubang tanam sebelum penanaman sangat dianjurkan untuk menekan populasi jamur patogen. Lakukan rotasi tanaman dengan jenis non-cucurbit setiap musim tanam untuk memutuskan siklus hidup penyakit di dalam tanah.