Penyakit busuk hitam dan akar gada menjadi ancaman utama pekebun kubis saat musim hujan berlangsung. Pengamatan rutin minimal 2 kali seminggu pada lembaran daun bawah dan area perakaran sangat krusial untuk menemukan gejala awal seperti bercak kuning berbentuk V atau layu pada siang hari.
Pengelolaan drainase lahan menjadi kunci utama pencegahan penyakit kubis; buat bedengan setinggi 30 hingga 40 cm dengan lebar parit 40 cm agar air hujan tidak menggenang lebih dari 2 jam. Selain itu, jarak tanam ideal 50 x 60 cm harus diterapkan untuk menjaga sirkulasi udara di sekitar krop kubis tetap optimal.
Pengendalian penyakit mengutamakan pemanfaatan agens hayati seperti Trichoderma sp. dan Pseudomonas fluorescens yang diaplikasikan setiap 7 sampai 10 hari sekali. Jika serangan melebihi ambang batas, penggunaan bakterisida atau fungisida berbahan aktif resmi harus mengacu pada petunjuk label dan panduan penyuluh setempat.
