Salah satu ancaman utama saat musim hujan adalah penyakit bercak daun Cercospora dan layu Fusarium. Bercak daun ditandai dengan munculnya noda cokelat kehitaman berdiameter 2-5 mm pada daun tua yang lambat laun meluas hingga daun menguning dan gugur prematur. Sementara itu, layu Fusarium menyerang pembuluh pembawa air di bagian pangkal batang, menyebabkan tanaman layu secara permanen dalam waktu 3-5 hari setelah gejala pertama terlihat, terutama jika drainase lahan buruk dan tergenang air lebih dari 6 jam.
Selain jamur, penyakit mosaik yang disebabkan oleh virus yang ditularkan oleh kutu daun (Aphis craccivora) juga kerap meluas di lahan kacang panjang. Gejala mosaik berupa belang hijau muda dan kuning pada daun muda disertai bentuk daun yang keriting dan kerdil, yang mengurangi pembentukan polong hingga 60%. Pada polong yang sedang berkembang, serangan antraknosa atau busuk polong ditandai dengan bercak melekuk berwarna cokelat kehitaman yang membusukkan polong muda dalam kurun waktu 48 jam jika kondisi sangat basah.
Pengendalian penyakit kacang panjang berbasis Sanitasi dan Budaya Teknis (SBT) harus diterapkan sejak dini. Petani disarankan membuat guludan atau bedengan setinggi 30-40 cm agar air tidak menggenang, serta melakukan pemangkasan daun tua di bagian bawah (0-30 cm dari permukaan tanah) setiap 10 hari sekali untuk menjaga sirkulasi udara. Penggunaan mulsa plastik hitam perak dan pemberian pupuk organik matang sebanyak 10-15 ton per hektar sebelum tanam juga terbukti meningkatkan ketahanan fisik tanaman terhadap infeksi patogen tanah.
