Pada musim kemarau, hama penusuk dan penghisap seperti thrips serta lalat penggorok daun menjadi ancaman utama bagi pembudidaya. Pengamatan rutin setiap 2 hingga 3 hari sekali pada pagi hari sangat dianjurkan untuk mendeteksi keberadaan serangga kecil ini di lipatan daun. Jika tidak dikendalikan, serangga penghisap cairan sel ini dapat menurunkan kapasitas fotosintesis tanaman hingga 50 persen dan menyebabkan pertumbuhan daun bawang menjadi kerdil serta meliuk.
Memasuki musim hujan atau periode kelembaban tinggi, hama jenis ulat seperti Spodoptera exigua (ulat grayak) sering kali mendominasi lahan pertanian. Ulat ini memiliki kebiasaan unik dengan menggerek masuk ke dalam rongga daun bawang yang selinder dan memakan jaringan bagian dalam. Akibatnya, daun bawang akan terlihat memiliki bercak-bercak putih menerawang seperti membran tipis sebelum akhirnya terkulai layu dan membusuk.
Strategi Pengendalian Hama Terpadu (PHT) menjadi pendekatan terbaik untuk menjaga keberlanjutan produksi daun bawang tanpa merusak lingkungan. Penggunaan perangkap warna berperekat sebanyak 10 hingga 15 unit per 100 meter persegi lahan, kombinasi sanitasi kebun harian, serta pemanfaatan musuh alami atau biopestisida secara berkala terbukti mampu menekan populasi hama hingga berada di bawah ambang batas kerugian ekonomi.
