Penyebab paling umum pada musim hujan adalah genangan air. Akar kucai tidak tahan becek; jika drainase buruk, akar membusuk dan daun menguning dari ujung. Ciri khas: tanah basah terus-menerus, bau busuk, dan tanaman layu meski tanah basah. Solusinya: buat bedengan lebih tinggi, perbaiki saluran air, kurangi frekuensi penyiraman, dan jika sudah parah, pindahkan ke lahan kering. Di musim kemarau, sebaliknya, kekurangan air juga bisa menyebabkan daun menguning, tetapi disertai ujung daun kering dan tanah retak.
Penyebab lain adalah kekurangan unsur hara, terutama nitrogen (N) dan magnesium (Mg). Daun menguning merata pada daun tua dulu, dengan warna hijau pucat hingga kuning. Pada defisiensi Mg, tulang daun tetap hijau. Solusi: beri pupuk kandang matang 2-3 kg/m2 setiap 2 bulan, atau aplikasi pupuk NPK 16-16-16 dosis sesuai anjuran setempat (konsultasi dengan BPP). Jangan lupa tambahkan kapur dolomit jika pH tanah di bawah 5,5 karena kucai suka pH 6-7. Hindari penggunaan pupuk urea berlebihan karena dapat memicu serangan hama.
Serangan hama dan penyakit juga bisa menyebabkan daun menguning. Ulat grayak (Spodoptera) membuat lubang dan meninggalkan kotoran; daun menguning di sekitar lubang. Gunakan Bacillus thuringiensis (Bt) atau ekstrak daun mimba. Penyakit layu fusarium menyebabkan daun menguning dari pangkal, layu mendadak, dan akar membusuk. Rotasi tanaman dengan bukan bawang-bawangan minimal 2 tahun, dan pastikan drainase baik. Jika serangan berat, cabut tanaman sakit dan bakar. Selalu gunakan bibit sehat dari sumber terpercaya.