Penyebab paling umum adalah kekurangan unsur hara, terutama nitrogen (N), magnesium (Mg), atau besi (Fe). Daun yang menguning akibat defisiensi N biasanya dimulai dari daun tua, merata di seluruh helai. Defisiensi Mg menyebabkan kuning di antara tulang daun (interveinal) pada daun tua. Defisiensi Fe terjadi pada daun muda dengan tulang daun tetap hijau. Solusinya adalah pemupukan berimbang menggunakan pupuk organik (pupuk kandang 2-3 kg/pohon setiap 6 bulan) atau pupuk kimia sesuai rekomendasi BPP setempat.
Penyebab lain adalah serangan hama seperti kutu putih (Planococcus spp.) atau ulat penggulung daun (Dudua aprobola). Kutu putih mengisap cairan daun dan mengeluarkan embun madu yang memicu jamur jelaga, menyebabkan daun kuning dan lengket. Ulat penggulung daun membuat daun menggulung dan menguning. Untuk kutu putih, semprot dengan air sabun (2 sendok makan sabun cair per liter air) setiap 3-4 hari. Untuk ulat, kumpulkan dan musnahkan daun yang tergulung secara manual.
Selain itu, genangan air akibat drainase buruk dapat menyebabkan akar busuk dan daun menguning. Pastikan saluran air lancar, terutama saat musim hujan. Jika tanah terlalu kering saat kemarau, siram 10-20 liter per pohon setiap 2-3 hari. Jangan lupa memeriksa pH tanah; jengkol tumbuh optimal pada pH 5,5-6,5. Jika terlalu masam (<5,0), beri kapur dolomit 1-2 kg per pohon setahun sekali.