Penyakit utama yang kerap muncul di musim penghujan adalah bercak daun dan busuk pangkal batang. Gejala awal biasanya ditandai oleh perubahan warna pada helai daun, mulai dari bintik kecil hingga menguningnya seluruh bagian daun. Jika dibiarkan, patogen akan masuk ke dalam jaringan umbi dan merusak sistem perakaran, membuat rumpun serai mudah roboh dan mati.
Untuk mengatasi masalah ini secara efektif, kita harus menerapkan diagnosis diferensial guna membedakan apakah serangan disebabkan oleh infeksi jamur, pembusukan akibat genangan air, atau serangan hama penggerek. Setiap penyebab memiliki penanganan spesifik, mulai dari perbaikan drainase lahan, pemangkasan daun yang terinfeksi berat, hingga pengaturan jarak tanam agar sirkulasi udara di sekitar rumpun tetap lancar.
Selain penanganan kuratif, pencegahan adalah kunci keberhasilan berkebun serai di musim hujan. Pastikan kebun tidak tergenang air saat hujan lebat turun, lakukan penyiangan gulma secara rutin setiap dua minggu sekali, dan hindari penggunaan pupuk nitrogen berlebih yang membuat jaringan tanaman terlalu lunak dan rentan terhadap patogen.