Gejala yang paling sering dijumpai pada helai daun adalah karat daun dan bercak daun yang disebabkan oleh cendawan Puccinia atau Cercospora. Infeksi ini ditandai dengan munculnya bintik-bintik kuning kemerahan atau cokelat lonjong berukuran 2 hingga 5 milimeter pada permukaan daun. Untuk mencegah penyebaran spora yang terbawa angin dan cipratan air hujan, penataan jarak tanam yang ideal seperti 50 cm x 50 cm atau 75 cm x 75 cm sangat dianjurkan agar sirkulasi udara di sekitar rumpun tetap terjaga dengan baik.
Selain penyakit daun, pembusukan pada pangkal batang dan akar akibat infeksi Pythium atau Rhizoctonia menjadi ancaman serius saat drainase lahan buruk. Air yang tergenang selama lebih dari 24 jam membuat jaringan pangkal serai melunak, berwarna cokelat gelap, dan mengeluarkan aroma busuk. Penanganan efektif dilakukan dengan membuat guludan setinggi 20 hingga 30 sentimeter serta mengaplikasikan agens hayati Trichoderma sp. sebanyak 20 hingga 50 gram per rumpun pada media tanah di sekitar perakaran.
Sanitasi kebun secara berkala dengan memangkas daun-daun tua setiap 3 hingga 4 minggu sekali terbukti efektif memotong siklus hidup organisme pengganggu tanaman. Jika serangga pemakan daun atau kutu juga ditemukan bersamaan dengan gejala penyakit, tindakan pembersihan gulma di radius 1 meter dari rumpun wajib dilakukan. Pemudaan rumpun serai yang telah berumur lebih dari 1,5 hingga 2 tahun juga sangat disarankan untuk menjaga vitalitas dan ketahanan tanaman terhadap infeksi susulan.
