Hama utama yang sering menyerang daun serai adalah ulat penggulung daun yang aktif memakan jaringan hijau daun dari dalam lipatan. Ciri khas serangan ini adalah daun serai tampak menggulung rapat dan di dalamnya terdapat larva berwarna hijau atau kecokelatan. Pengendalian mekanis dapat dilakukan dengan cara memotong dan memusnahkan daun yang menggulung pada pagi hari saat ulat masih beraktivitas di dalam. Jika populasi ulat meningkat drastis pada musim pancaroba, pemanfaatan musuh alami atau pestisida nabati berbahan dasar daun mimba sangat dianjurkan.
Selain ulat, serangga penghisap seperti kutu putih dan kepik sering merusak pangkal batang serai dengan cara menusuk dan menghisap cairan tanaman. Akibat serangan ini, bagian pangkal batang serai menjadi menguning, kusam, dan ditutupi lapisan seperti kapas putih yang menghambat pertukaran udara. Petani dapat membersihkan pangkal rumpun secara berkala dengan menyemprotkan air bertekanan sedang untuk merontokkan koloni kutu putih. Pemangkasan daun bagian bawah yang sudah tua dan terlalu rimbun juga efektif mengurangi kelembapan mikro yang disukai oleh hama penghisap.
Pengendalian hama serai yang berkelanjutan harus mengutamakan prinsip Pengendalian Hama Terpadu dengan menjaga kebersihan lahan dari gulma dan sisa tanaman sakit. Sanitasi kebun yang baik dilakukan setiap dua minggu sekali dengan cara menyiangi rumput liar di sekitar rumpun serai agar hama tidak memiliki tempat persembunyian. Pemupukan berimbang menggunakan kompos matang setiap tiga bulan sekali akan meningkatkan ketahanan alami tanaman terhadap serangan hama. Dengan langkah pencegahan yang konsisten, tanaman serai akan tumbuh subur dan menghasilkan panen daun berkualitas tinggi.