Penyakit utama yang sering menyerang jeringau adalah busuk rimpang (Rhizoctonia solani dan Pythium spp.) dan bercak daun (Colletotrichum spp.). Busuk rimpang menyebabkan rimpang lunak, berair, dan berbau busuk, lalu daun menguning dan layu. Bercak daun ditandai bercak coklat kehitaman pada helai daun yang meluas dan mengering.
Pencegahan lebih efektif daripada pengobatan. Pastikan drainase lahan baik, jangan terlalu becek. Gunakan rimpang sehat sebagai bibit, dan rotasi tanaman dengan palawija atau sayuran daun. Saat musim hujan, kurangi genangan air dengan membuat saluran drainase atau guludan. Jika tanaman terinfeksi, segera cabut dan bakar tanaman sakit, lalu semprotkan fungisida berbahan aktif tembaga atau mankozeb sesuai label.
Pemupukan berimbang juga penting untuk meningkatkan ketahanan tanaman. Gunakan pupuk kandang matang 2-3 kg per meter persegi setiap 3 bulan, ditambah pupuk NPK 15-15-15 sebanyak 10-15 gram per tanaman setiap 2 bulan. Jangan memupuk N berlebihan karena memicu serangan jamur. Panen rimpang setelah 8-12 bulan, cuci bersih, dan jemur hingga kering untuk mengurangi risiko busuk pascapanen.