Kerusakan pada sistem perakaran tebu langsung berdampak pada penurunan kemampuan tanaman menyerap air dan unsur hara penting seperti nitrogen dan kalium. Dalam jangka panjang, kondisi ini dapat menurunkan rendemen gula hingga 25 persen dan mengganggu keprasan (ratoon) pada musim tanam berikutnya. Diagnosis dini menjadi kunci utama untuk membedakan apakah pembusukan disebabkan oleh faktor fisik lingkungan atau infeksi mikroorganisme patogen.
Pengelolaan drainase lahan merupakan langkah utama dalam mengatasi permasalahan ini. Pembuatan parit drainase dengan kedalaman 40 hingga 50 cm di antara barisan tanaman tebu sangat efektif untuk menurunkan muka air tanah. Selain itu, pembumbunan tanah setinggi 20 cm perlu dilakukan saat tanaman berumur 3 sampai 4 bulan agar zona perakaran tetap mendapatkan aerasi yang cukup meski hujan turun secara terus-menerus.
Pencegahan berkelanjutan dapat dicapai melalui tindakan sanitasi lahan dan pemanfaatan mikroorganisme antagonis. Penggunaan bahan organik matang yang dikomposkan dengan sempurna seberat 5 ton per hektar saat olah tanah dapat meningkatkan struktur tanah. Apabila ditemukan gejala serangan patogen, penggunaan agens hayati secara berkala dapat membantu menekan populasi jamur merugikan di zona sfer perakaran tebu.
