Penyakit pokahbung disebabkan jamur Fusarium moniliforme. Gejalanya: pelepah daun menguning, batang membusuk dan berlubang, serta tercium bau asam. Serangan dimulai dari pangkal batang dan menyebar ke atas. Biasanya muncul setelah tebu terkena stres air atau luka mekanis. Pengendalian: perbaiki drainase, hindari genangan, dan gunakan bibit sehat. Untuk jamur ini, fungisida berbahan aktif mancozeb atau benomil bisa digunakan sesuai label.
Penyakit luka api (jamur Ustilago scitaminea) ditandai dengan munculnya ‘whip’ atau cambuk hitam di pucuk tebu, yang merupakan kumpulan spora jamur. Tanaman menjadi kerdil dan ruas memendek. Penyakit ini menyebar melalui spora yang terbawa angin atau air hujan. Penanganan: cabut dan bakar tanaman terinfeksi, serta gunakan bibit tahan varietas seperti PS 862 atau PS 881. Hindari penanaman di lahan bekas serangan berat.
Penyakit mosaik (virus) menyebabkan daun bergaris-garis kuning hijau, pertumbuhan terhambat, dan hasil gula menurun. Virus ditularkan oleh kutu daun (Rhopalosiphum maidis). Tidak ada obat untuk virus; pengendalian fokus pada pengendalian vektor dengan insektisida nabati atau kimia (sesuai label) dan eradikasi tanaman sakit. Gunakan bibit bebas virus dari laboratorium kultur jaringan.