Penyakit bercak daun disebabkan oleh jamur Colletotrichum agaves atau Alternaria sp. Gejalanya berupa bercak kecil berwarna cokelat kehitaman pada daun, yang kemudian meluas dan menyatu, menyebabkan daun mengering dari ujung. Bercak sering disertai lingkaran konsentris berwarna lebih gelap. Penyakit ini menyebar melalui percikan air hujan atau alat panen yang terkontaminasi. Pada serangan berat, daun mengering total sehingga serat tidak bisa dipanen.
Busuk pangkal batang disebabkan oleh jamur Fusarium oxysporum atau Phytophthora sp. Gejala awal adalah layu pada daun muda dan perubahan warna pangkal batang menjadi cokelat basah. Jika batang dipotong, terlihat jaringan busuk berwarna cokelat kemerahan. Penyakit ini sering terjadi pada lahan dengan drainase buruk atau setelah stres kekeringan. Infeksi dapat menyebabkan tanaman roboh dan mati dalam beberapa minggu.
Pengendalian penyakit sisal dilakukan secara terpadu. Untuk bercak daun, atur jarak tanam (1,5 x 1,5 m) untuk mengurangi kelembapan, dan lakukan sanitasi dengan memotong daun bergejala lalu dibakar. Untuk busuk pangkal, perbaiki drainase dengan membuat bedengan setinggi 30 cm, dan hindari luka pada batang saat penyiangan. Jika serangan sudah meluas, konsultasikan dengan penyuluh pertanian untuk rekomendasi fungisida yang sesuai. Rotasi tanaman dengan kacang-kacangan juga membantu menekan patogen tanah.