Penyakit bercak daun (Pestalotia spp. dan Helminthosporium spp.) menunjukkan bercak coklat kehitaman pada daun, lalu mengering dan berlubang. Serangan berat menyebabkan daun gugur dan pertumbuhan terhambat. Penyakit ini menyebar melalui percikan air hujan dan angin, terutama di musim hujan. Sementara itu, penyakit busuk buah (Colletotrichum spp.) menyebabkan buah aren menguning, busuk, dan berbau asam, sering terjadi pada buah yang sudah tua di musim hujan.
Untuk mengendalikan penyakit aren, lakukan sanitasi kebun dengan memotong dan membakar bagian tanaman yang sakit. Perbaiki drainase untuk mencegah genangan air. Gunakan fungisida berbahan aktif tembaga atau mankozeb sesuai dosis pada label, dan aplikasikan pada pagi atau sore hari saat cuaca cerah. Konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat untuk rekomendasi fungisida spesifik. Hindari penggunaan pupuk nitrogen berlebihan karena dapat memicu serangan jamur.
Pencegahan lebih efektif dengan menggunakan bibit sehat dari sumber terpercaya, jarak tanam yang tidak terlalu rapat (minimal 6x6 meter), dan pemangkasan daun tua secara rutin. Lakukan pengamatan rutin setiap minggu, terutama pada musim hujan. Jika serangan sudah parah, tanaman yang terinfeksi berat sebaiknya dimusnahkan untuk mencegah penyebaran ke tanaman sehat.