Diagnosis diferensial sangat penting untuk membedakan antara layu fusarium, layu bakteri, dan stres kekeringan atau busuk akar. Pada layu fusarium, gejala muncul bertahap mulai dari daun bagian bawah yang menguning lalu terkulai pada umur 25 sampai 40 hari setelah tanam. Sedangkan pada layu bakteri, tanaman dapat layu secara mendadak dalam waktu 24 sampai 48 jam dengan warna daun yang tetap tampak hijau segar.
Pengujian sederhana di lapangan dapat dilakukan dengan memotong pangkal batang bawah setinggi 5 sentimeter dari permukaan tanah. Jika potongan batang dicelupkan ke gelas berisi air bersih selama 3 hingga 5 menit dan mengeluarkan lendir putih seperti asap, tanaman dipastikan terserang layu bakteri. Namun jika berkas pengangkut hanya berwarna cokelat tanpa lendir, tanaman terinfeksi jamur fusarium.
Tindakan pencegahan dan penanganan harus dilakukan secara terpadu sejak pengolahan tanah hingga fase pembesaran buah pada umur 35 hingga 50 hari setelah tanam. Penggunaan mulsa plastik hitam perak serta pengaturan irigasi tetes sebanyak 1,5 hingga 2 liter per tanaman per hari pada musim kemarau sangat efektif menjaga kelembapan zona perakaran dan menekan stres lingkungan yang memperparah serangan.
