Kondisi tanah yang tergenang air selama lebih dari 12 jam menciptakan lingkungan anaerob yang sangat disukai oleh patogen tular-tanah seperti Pythium, Fusarium, dan Rhizoctonia. Akar yang terinfeksi akan kehilangan kemampuannya menyerap air dan nutrisi, sehingga daun melon tampak layu di siang hari meskipun tanah terlihat sangat basah. Jika dibiarkan tanpa tindakan cepat dalam kurun waktu 3 hingga 5 hari, seluruh sistem perakaran akan membusuk berwarna cokelat kehitaman dan tanaman berujung mati.
Untuk mengendalikan masalah ini, pembuatan bedengan dengan tinggi minimal 40 hingga 50 cm sangat dianjurkan agar perakaran tidak terendam air hujan. Penggunaan mulsa plastik hitam perak juga membantu menjaga kelembapan tanah agar tidak terlalu basah sekaligus menekan percikan air hujan yang membawa spora jamur. Pengaturan jarak tanam ideal yaitu 50 cm x 60 cm memegang peranan penting dalam menjaga sirkulasi udara di sekitar pangkal batang melon.
Aplikasi agen hayati seperti Trichoderma harzianum sejak awal olah tanah dengan dosis 20 hingga 30 gram per lubang tanam efektif menekan perkembangan patogen jahat. Selain itu, pangkas daun-daun tua di bagian bawah tanaman hingga ketinggian 30 cm dari permukaan tanah untuk mengurangi kelembapan mikro. Sanitasi lahan yang disiplin dengan mencabut dan membuang tanaman terserang jauh dari area perkebunan akan mencegah penularan ke tanaman melon yang sehat.
