Hama utama yang kerap merusak tanaman melon antara lain kutu kebul, thrips, tungau merah, dan lalat buah yang masing-masing meninggalkan gejala spesifik pada tanaman. Kutu kebul dan thrips biasanya menyerang bagian daun muda dan pucuk, menyebabkan daun mengeriting, menguning, dan menjadi vektor virus gemini. Sementara itu, tungau merah lebih aktif menyerang saat musim kemarau panjang akibat kondisi cuaca yang kering dan berdebu, membuat daun tampak kusam berbintik putih kecokelatan. Di sisi lain, lalat buah menjadi ancaman utama saat buah mulai memasuki fase pembesaran menjelang panen.
Strategi pengendalian hama terpadu di Indonesia harus mengutamakan prinsip pencegahan melalui sanitasi lahan yang ketat, penggunaan mulsa plastik hitam perak untuk memantulkan cahaya, dan pemasangan perangkap kuning lengket. Pemasangan perangkap kuning sebanyak 40 buah per hektar efektif menekan populasi serangga dewasa sebelum mereka meletakkan telur pada tanaman melon. Selain itu, menjaga kebersihan kebun dari gulma inang dan sisa tanaman sakit pada musim sebelumnya sangat membantu memutus siklus hidup hama. Rotasi tanaman dengan famili yang bukan inang juga dianjurkan untuk menekan populasi hama di dalam tanah.
Apabila populasi hama telah melewati ambang ekonomi, tindakan pengendalian tambahan dapat dilakukan dengan memperhatikan keselamatan lingkungan dan kesehatan konsumen. Penggunaan musuh alami seperti kepik predator atau laba-laba perlu dilestarikan di sekitar pertanaman melon. Jika terpaksa menggunakan bahan pengendali kimiawi, pilihlah produk yang terdaftar resmi dan aplikasikan sesuai petunjuk pada label kemasan serta berkonsultasilah dengan petugas penyuluh pertanian setempat di BPP terdekat.