Serangan hama penggerek buah biasanya memuncak saat fase pembentukan pentil buah hingga menjelang panen, di mana larva merusak bagian dalam buah kelengkeng. Untuk mengatasinya, pekebun dapat menerapkan teknik pembungkusan buah menggunakan kertas khusus atau jaring halus saat ukuran buah sebesar kelereng atau sekitar umur 45 hari setelah bunga mekar. Selain itu, pemangkasan cabang yang terlalu rimbun sebanyak 20 persen dari total tajuk sangat penting untuk mengurangi kelembapan dan ruang sembunyi hama.
Kutu putih dan serangga pengisap lain sering menyerang tunas muda dan malai bunga dengan cara mengisap cairan tanaman, menyebabkan pertumbuhan terhambat dan keriting. Pengendalian mekanis dapat dilakukan dengan menyemprotkan air bertekanan sedang menggunakan selang semprot setiap pagi selama tiga hari berturut-turut untuk merontokkan koloni kutu. Sanitasi kebun dengan membersihkan gulma di sekitar perakaran selebar satu meter dari batang utama juga efektif memutuskan siklus hidup hama tanah.
Pemberian pupuk organik matang sebanyak 10 kilogram per pohon setiap enam bulan sekali serta pemupukan NPK berimbang dosis anjuran setempat akan meningkatkan ketahanan alami tanaman kelengkeng. Apabila populasi hama melampaui batas ambang ekonomi dan tindakan mekanis tidak memadai, penggunaan bahan pengendali kimia harus dilakukan secara bijak sesuai petunjuk pada label kemasan. Selalu utamakan keselamatan kerja dan konsultasikan permasalahan spesifik ke Balai Penyuluhan Pertanian terdekat.