Pengolahan tanah dan pemberian nutrisi menjadi kunci utama kesuburan kelengkeng. Berikan pupuk kandang atau kompos yang telah terdekomposisi sempurna sebanyak 10 hingga 15 kg per pohon setiap 4 bulan sekali. Pemupukan susulan menggunakan pupuk NPK seimbang dapat dilakukan setiap 3 bulan sekali dengan dosis yang disesuaikan umur tanaman, yaitu sekitar 100 hingga 250 gram pada tahun pertama dan meningkat bertahap seiring pertambahan ukuran tajuk.
Pemangkasan atau pruning secara berkala sangat penting untuk mengatur bentuk tajuk, membuang tunas air yang tidak produktif, serta membuka sirkulasi udara di dalam rimbun daun. Pemangkasan bentuk idealnya dilakukan saat tanaman berumur 1 tahun dengan pola 1-3-9 yaitu 1 batang utama, 3 cabang primer, dan 9 cabang sekunder. Langkah ini mencegah kelembapan berlebih di area dalam tajuk yang sering mengundang jamur dan hama kutu putih saat musim hujan.
Memasuki fase induksi pembuahan pada pohon kelengkeng dataran rendah, penyiraman dikurangi secara bertahap selama 2 hingga 3 minggu hingga tanah sedikit kering untuk merangsang pembentukan bunga. Setelah bakal bunga muncul, penyiraman kembali dinormalkan dan ditambahkan pupuk tinggi unsur Kalium. Penjarangan buah sebanyak 20 hingga 30 persen pada setiap dompolan juga dianjurkan agar ukuran buah lebih besar dan tidak membebani dahan.
