Lalat buah merupakan ancaman terbesar pada musim hujan dan masa pancaroba. Hama ini menyengat buah muda hingga matang untuk menaruh telur, yang kemudian menetas menjadi belatung di dalam daging buah. Kerugian akibat lalat buah dapat ditekan hingga di bawah 10 persen jika petani melakukan pembungkusan buah secara konsisten saat dompolan buah masih berdiameter 1 sampai 2 sentimeter atau berumur 14 hari setelah bunga mekar.
Memasuki musim kemarau, ancaman bergeser ke hama pengisap cairan seperti kutu putih dan kutu kebul, serta hama pemakan daun seperti ulat kipat. Populasi kutu putih berkembang sangat cepat pada suhu panas dan kelembapan rendah, menghasilkan embun madu yang memicu tumbuhnya jamur embun jelutong berwarna hitam pada permukaan daun. Pengendalian secara hayati menggunakan minyak mimba dengan interval penyemprotan 7 sampai 10 hari sekali sangat efektif menekan populasi hama ini.
Pengendalian hama jambu air yang berkelanjutan harus mengedepankan prinsip Pengendalian Hama Terpadu (PHT). Langkah ini memadukan sanitasi kebun harian, pemangkasan bentuk setiap 3 bulan sekali untuk mengatur pencahayaan tajuk, penggunaan perangkap atraktan, serta pemanfaatan musuh alami. Penggunaan bahan kimia sintetis hanya dilakukan sebagai pilihan terakhir setelah berkonsultasi dengan petugas penyuluh pertanian setempat.
