Penyakit yang paling sering menyerang lidah buaya di musim hujan adalah busuk akar dan busuk daun yang disebabkan oleh jamur patogen tular tanah seperti Fusarium, Phytophthora, dan Rhizoctonia. Gejala awal biasanya berupa daun yang menguning, lembek, dan mudah rontok. Pada kasus busuk akar, tanaman akan terlihat layu meskipun tanah lembab, karena akar sudah membusuk dan tidak mampu menyerap air. Perhatikan juga adanya bercak coklat kehitaman pada daun yang meluas, yang menandakan infeksi jamur sudah menyebar.
Selain busuk, lidah buaya juga bisa terserang penyakit bercak daun (antraknosa) yang disebabkan oleh jamur Colletotrichum. Gejalanya berupa bercak bulat berwarna coklat dengan tepi kuning pada permukaan daun. Jika dibiarkan, bercak akan membesar dan menyebabkan daun mengering. Penyakit ini menyebar melalui percikan air hujan atau alat potong yang tidak steril. Di Indonesia, serangan sering terjadi saat curah hujan tinggi dan sirkulasi udara buruk di sekitar tanaman.
Untuk mengatasi penyakit, langkah pertama adalah memisahkan tanaman yang sakit dari yang sehat. Potong bagian yang terinfeksi dengan pisau steril dan oleskan fungisida berbahan aktif tembaga atau sulfur pada luka (ikuti dosis pada label). Perbaiki drainase media tanam dengan mencampur pasir atau sekam bakar agar tidak tergenang. Kurangi frekuensi penyiraman menjadi 1-2 kali seminggu saat musim hujan. Pastikan tanaman mendapat sinar matahari langsung minimal 4 jam sehari untuk mengurangi kelembaban. Jika penyakit sudah parah, ganti media tanam dan pot baru untuk mencegah infeksi ulang.