Diagnosis diferensial sangat penting untuk membedakan antara penyakit busuk lunak bakteri dan bercak daun antraknosa yang sering menyerang lidah buaya. Busuk lunak akibat bakteri ditandai dengan jaringan pelepah yang mencair, terasa lembek saat dipencet, serta mengeluarkan aroma busuk yang menyengat dari pangkal tanaman. Sebaliknya, antraknosa yang disebabkan oleh cendawan menunjukkan gejala awal berupa bintik cekung berwarna cokelat tua hingga hitam pada permukaan pelepah tanpa adanya bau busuk yang mendadak.
Pengendalian penyakit di lapangan harus dilakukan secara terpadu melalui perbaikan teknis budidaya yang konsisten. Jarak tanam ideal di lahan terbuka perlu diatur minimal 50 cm kali 60 cm untuk menjaga sirkulasi udara di sekitar tajuk tanaman tetap lancar selama musim hujan. Selain itu, pangkas pelepah yang terinfeksi setiap 3 sampai 5 hari sekali menggunakan alat potong tajam yang telah disterilkan, lalu musnahkan bagian tanaman tersebut jauh dari area kebun agar spora tidak menyebar melalui percikan air hujan.
Untuk pencegahan jangka panjang, media tanam dalam pot harus dimodifikasi dengan mengombinasikan tanah topsoil, arang sekam, dan pasir kasar dengan perbandingan 1:1:1 agar air hujan langsung mengalir keluar. Pembuatan bedengan atau guludan setinggi 30 hingga 40 cm sangat dianjurkan untuk penanaman di lahan terbuka guna mencegah penumpukan air di area perakaran. Pemberian bahan organik matang yang diperkaya agen hayati secara rutin setiap 2 bulan sekali juga akan memperkuat ketahanan alami tanaman terhadap serangan penyakit musiman ini.
