Penyebab fisiologis utama daun vanili kuning adalah paparan sinar matahari langsung yang berlebihan akibat kurangnya naungan, dipadu dengan kurangnya pasokan air irigasi selama 3 hingga 4 bulan musim kemarau. Tanaman vanili adalah tanaman bawah kanvas hutan tropis yang membutuhkan naungan sekitar 50 hingga 70 persen untuk berfotosintesis secara optimal tanpa merusak klorofil daun. Ketika intensitas cahaya terlalu tinggi dan kelembapan udara turun drastis di bawah 60 persen, jaringan daun akan mengalami sengatan matahari (sunburn) yang diawali dengan menguningnya helaian daun dari bagian ujung lalu mengering menjadi cokelat.
Faktor patologis juga tidak boleh diabaikan, terutama infeksi jamur tanah seperti Fusarium oxysporum yang menyerang batang bawah dan pangkal akar vanili dalam kondisi tanah yang terlalu kering atau justru terlalu basah akibat penyiraman tidak merata. Ketika jaringan pengangkut rusak oleh jamur patogen, pasokan air dan unsur hara dari tanah terhenti total, menyebabkan daun vanili berubah warna menjadi kuning pucat secara serempak pada sulur yang terserang. Untuk mengatasi hal ini, pekebun harus rutin memeriksa kelembapan media tanam menggunakan mulsa organik tebal berupa serasah daun bambu atau jerami setebal 10 sentimeter demi menjaga kelembapan mikro tanah.
Langkah penanganan yang tepat mencakup pengaturan ulang densitas peneduh alami seperti pohon lamtoro atau dadap di kebun vanili Anda, serta pemberian air penyiraman sebanyak 2 hingga 3 liter per tanaman setiap 3 hari sekali pada pagi hari. Jika ditemukan sulur yang pangkal batangnya telah membusuk dan menguning parah, segera lakukan pemangkasan sanitasi hingga jaringan batang yang sehat, lalu oleskan bubur bordeaux atau fungisida nabati pada luka potongan. Selalu konsultasikan dengan petugas BPP setempat apabila serangan meluas agar Anda mendapatkan rekomendasi pengendalian hayati atau kimiawi yang paling aman dan sesuai standar GAP (Good Agricultural Practices).