Penyebab fatal lain yang sering menyerang saat transisi iklim adalah penyakit Busuk Batang Vanili (BBV) yang disebabkan oleh cendawan Fusarium oxysporum f.sp. vanillae. Pada kondisi tanah yang terlalu kering kemudian mendadak disiram air dalam jumlah besar, akar serabut mengalami stres hidrologis. Kondisi ini memudahkan spora cendawan masuk, menginfeksi pembuluh vaskular, dan membuat daun menguning layu dari bagian bawah hingga pangkal batang mengkerut.
Selain faktor patogen dan intensitas cahaya, kelangkaan hara makro seperti Nitrogen (N) serta hara mikro Magnesium (Mg) sering terjadi pada musim kering. Akar serabut vanili yang berada di kedalaman dangkal (5-10 cm) kesulitan menyerap hara jika kelembapan media tanam berada di bawah tingkat optimal. Pemberian kompos matang sebanyak 3-5 kg per piringan tanaman yang dikombinasikan dengan mulsa organik sangat efektif menjaga ketersediaan air.
Tindakan korektif harus dilakukan begitu gejala daun vanili kuning terdeteksi pada 1-2 sulur. Pemangkasan pohon pelindung secara teratur, penyiraman rutin sebanyak 5-10 liter air per Rumpun setiap 2-3 hari sekali, serta pemberian agen hayati Trichoderma sp. dapat memulihkan kesehatan tanaman dan mencegah penyebaran wabah ke seluruh area perkebunan.
