Pengendalian hama vanili secara mekanis dapat dilakukan dengan pemungutan langsung hama pada malam hari jam 20.00 WIB, waktu di mana hama moluska seperti bekicot aktif bergerak. Selain itu, pemangkasan pohon pelindung (seperti lamtoro atau gamal) perlu diatur secara berkala agar pencahayaan matahari masuk berkisar antara 30% hingga 50%. Tingkat naungan yang terlalu lebat akan menciptakan mikroiklim yang sangat disukai oleh berbagai jenis serangga penggerek dan hama lunak.
Kebersihan area piringan tanaman merupakan kunci utama pencegahan serangan hama berkepanjangan. Pembersihan gulma dalam radius 50 cm dari pangkal sulur harus dilakukan setiap 2 minggu sekali, terutama saat memasuki awal musim hujan. Penumpukan serasah yang terlalu basah dan membusuk di dekat pangkal batang sering kali menjadi sarang utama tempat bertelurnya hama penggerek dan bekicot telanjang.
Penggunaan pestisida nabati yang terbuat dari bahan alami seperti ekstrak daun mimba atau biji mahoni dapat diaplikasikan setiap 7 hingga 10 hari sekali pada periode puncak serangan. Pengaplikasian bahan organik ini tidak hanya menekan populasi hama, tetapi juga aman bagi serangga penyerbuk alami dan tidak meninggalkan residu kimia berbahaya pada polong vanili yang siap panen.
