Penyebab paling umum adalah kekurangan unsur hara, terutama nitrogen (N) dan magnesium (Mg). Daun yang menguning akibat defisiensi N dimulai dari daun tua bawah, merata, dan diikuti pertumbuhan kerdil. Defisiensi Mg menunjukkan klorosis interveinal (urat daun tetap hijau) pada daun tua. Solusinya adalah pemupukan berimbang: gunakan pupuk urea (N) atau dolomit/kieserit (Mg) sesuai dosis anjuran daerah setempat, serta perbaiki drainase agar serapan hara optimal.
Penyebab lain adalah serangan hama dan penyakit. Ulat grayak (Spodoptera litura) dan kutu daun (Aphis gossypii) menyebabkan daun menguning karena hisapan cairan atau kerusakan jaringan. Penyakit seperti layu bakteri (Ralstonia solanacearum) dan bercak daun (Cercospora spp.) juga memicu klorosis. Ciri pembeda: hama meninggalkan bekas gigitan atau embun madu, sedangkan penyakit menunjukkan bercak atau layu. Pengendalian: gunakan musuh alami (predator, parasitoid), terapkan pergiliran tanaman, dan sanitasi lahan. Untuk penyakit, gunakan fungisida/bakterisida sesuai label dan konsultasi BPP setempat.
Faktor lingkungan seperti genangan air (musim hujan) dan kekeringan (kemarau) juga menyebabkan daun menguning. Genangan menyebabkan akar membusuk dan klorosis merata. Perbaiki drainase dengan guludan atau saluran air. Kekeringan menyebabkan daun layu dan menguning dimulai dari tepi. Beri mulsa organik dan irigasi tetes saat kemarau. Pastikan pH tanah 5.5-6.5 untuk serapan hara optimal. Lakukan pengapuran jika pH terlalu rendah.