Pekebun sering kali mengabaikan pentingnya saluran drainase keliling bedengan, sehingga air hujan menggenang lebih dari dua jam setelah hujan reda. Ketika kelembapan tanah terlalu tinggi secara terus-menerus, spora patogen tular tanah dapat berkembang biak dengan sangat cepat. Patogen ini menyerang jaringan akar muda yang berair hingga akhirnya seluruh sistem perakaran membusuk dan menghitam.
Untuk mendiagnosis masalah ini, kita harus membongkar sebagian media tanam di pangkal batang dengan hati-hati guna memeriksa kondisi fisik akar secara langsung. Akar vanili yang sehat berwarna putih atau krem, bercabang normal, dan terasa keras saat dipegang. Sebaliknya, akar yang terserang penyakit menunjukkan gejala lembek, berwarna cokelat tua hingga hitam, dan bagian kulit luar mudah terkelupas dari salurannya.
Penanganan busuk akar memerlukan tindakan kuratif yang cepat sekaligus pencegahan jangka panjang agar tanaman tidak ambruk. Langkah awal yang wajib dilakukan adalah memotong seluruh bagian akar dan pangkal batang yang sudah busuk menggunakan alat tajam steril. Setelah itu, pindahkan tanaman ke media baru yang lebih gembur, berikan naungan yang cukup, dan kurangi frekuensi penyiraman harian.