Diagnosis diferensial sangat penting dilakukan agar tindakan pengendalian tepat sasaran dan tidak terbuang sia-sia. Pembusukan yang disebabkan oleh patogen cendawan Fusarium oxysporum f.sp. vanillae ditandai dengan akar yang melunak, berwarna cokelat kehitaman, serta pangkal batang yang mengering keputihan seperti berserat, sedangkan busuk akar akibat genangan air ditandai dengan akar berbau busuk menyengat dan kulit luar akar yang mudah terkelupas saat dipegang.
Pengendalian penyakit busuk akar vanili memerlukan perbaikan kebun secara menyeluruh dengan memangkas pohon panjat atau pelindung sebanyak 30 hingga 50 persen tajuknya menjelang musim hujan. Langkah ini bertujuan agar sinar matahari pagi dapat masuk selama 4 hingga 6 jam setiap hari, sehingga mengurangi kelembapan mikro di sekitar zona perakaran dan menekan laju spora jamur.
Pembersihan gulma dan sisa mulsa organik yang membusuk harus rutin dilakukan setiap 2 minggu sekali di sekitar piringan tanaman sepanjang 50 cm dari pangkal batang. Pemberian agen hayati seperti Trichoderma sp. sebanyak 50 hingga 100 gram per lubang tanam yang dicampur pupuk kandang matang pada awal dan akhir musim hujan sangat efektif untuk memblokir perkembangan patogen tanah secara alami.
