Serangan busuk batang akibat infeksi Fusarium oxysporum biasanya dimulai dari jaringan akar atau bagian batang bawah yang bersentuhan langsung dengan tanah lembap. Dalam kurun waktu 3 hingga 7 hari, jaringan internodus akan melunak, meluas, dan berubah warna menjadi cokelat tua hingga kehitaman, yang mengakibatkan pasokan nutrisi terputus total sehingga seluruh sulur di atasnya layu mendadak.
Di sisi lain, infeksi Phytophthora lebih sering menyerang buah vanili siap panen dan pucuk muda saat curah hujan harian tinggi melebihi 250 mm per bulan. Bercak basah kehitaman yang meluas cepat pada permukaan buah dapat memicu pembusukan massal dan menurunkan hasil panen hingga 70 persen jika sanitasi kebun tidak segera diterapkan oleh pekebun.
Pengelolaan penyakit vanili secara terpadu wajib mengombinasikan tindakan mekanis seperti pemangkasan pohon pelindung untuk menjaga intensitas cahaya masuk sekitar 30 sampai 50 persen, pembuatan parit rorak sedalam 30 sentimeter, serta pengaplikasian agens hayati Trichoderma spp. secara rutin setiap 14 hari sekali pada zona perakaran selama musim basah.
