Pada fase TBM, pemupukan dilakukan sebanyak 3 hingga 4 kali dalam setahun, terutama pada awal dan akhir musim hujan. Kebutuhan hara diprioritaskan pada unsur Nitrogen dan Fosfor guna merangsang pembentukan sistem perakaran yang kuat serta percabangan tajuk. Dosis pupuk anorganik diberikan bertahap mulai dari 20 gram hingga 100 gram per pohon per tahun yang diaplikasikan secara melingkar tepat di bawah kanopi daun.
Memasuki fase TM, pemupukan berfokus pada merangsang regenerasi pucuk peko setelah siklus pemetikan rutin setiap 7 hingga 14 hari sekali. Pemupukan rutin dilakukan 3 sampai 4 kali dalam setahun dengan rasio unsur N, P, dan K yang disesuaikan pada curah hujan ideal 2000-3000 mm per tahun. Total kebutuhan Nitrogen berkisar antara 250 hingga 400 kg N per hektar per tahun yang dibagi rata dalam setiap tahap aplikasi.
Pemupukan khusus juga diperlukan pasca-pemangkasan rutin yang dilakukan setiap 3 hingga 4 tahun sekali. Pada fase pangkas ini, tanaman membutuhkan tambahan pupuk organik sebanyak 5 kg per tanaman serta pemupukan N teratur untuk memicu tumbuhnya tunas-tunas baru. Hindari melakukan pemupukan saat musim kemarau ekstrem dengan curah hujan di bawah 100 mm per bulan agar akar tanaman tidak mengalami dehidrasi atau terbakar.
