Cacar daun teh yang disebabkan oleh jamur Exobasidium vexans merupakan ancaman paling merusak di musim hujan, mampu menurunkan hasil panen pucuk basah hingga 40 persen jika tidak ditangani. Gejala diawali dengan bintik transparan kecil pada daun muda berumur 1 hingga 3 minggu, yang dalam 7 sampai 10 hari berkembang menjadi cekungan bertepung putih di bagian bawah daun sebelum akhirnya mengering dan berlubang.
Selain penyakit daun, masalah sistemik seperti jamur akar merah (Poria hypolateritia) dan jamur akar hitam sering muncul pada lahan berketinggian sedang dengan drainase buruk saat hujan berkepanjangan. Daun teh akan menguning secara perlahan, mengering tanpa gugur, dan ketika perakaran dibongkar akan terlihat miselium berwarna merah tua atau jaring hitam berbau busuk yang menyebar ke tanaman sekitarnya.
Pengendalian penyakit teh di musim hujan memerlukan tindakan terpadu yang memadukan petik pangkas secara teratur setiap 7 hingga 10 hari sekali, pengaturan naungan kebun hingga 30 persen transmisi cahaya, serta aplikasi agens hayati Trichoderma spp. pada tanah. Penggunaan sarana kimiawi hanya dilakukan berdasarkan rekomendasi analisis ambang ekonomi dari petunjuk penyuluh setempat.
