Penyebab paling umum dari pohon pala yang tidak kunjung berbuah adalah sifat biologisnya sebagai tanaman berumah dua (dioecious). Secara alami, populasi bibit asal biji memiliki peluang 50 persen tumbuh menjadi pohon jantan yang hanya menghasilkan bunga jantan tanpa bakal buah. Dalam satu hamparan kebun, rasio ideal yang diperlukan adalah 1 pohon jantan untuk melayani penyerbukan 8 hingga 10 pohon betina.
Masalah nutrisi juga menjadi penghambat utama pembuahan, terutama saat memasuki transisi musim kemarau di Indonesia. Pemupukan yang didominasi oleh unsur Nitrogen akan memicu pertumbuhan vegetatif daun secara berlebihan tetapi meredam pembentukan kuncup bunga. Pohon pala dewasa membutuhkan asupan pupuk kandang matang sebanyak 20 hingga 30 kilogram per pohon yang diberikan bersamaan dengan pupuk kaya Fosfor dan Kalium pada awal dan akhir musim hujan.
Tingkat naungan yang berlebihan sering kali membuat tanaman pala enggan berbunga. Pohon pala dewasa hanya membutuhkan tingkat naungan sekitar 20 hingga 30 persen agar tajuknya menerima kecukupan sinar matahari untuk memicu hormon pembungaan. Pemangkasan dahan pohon peneduh secara teratur setiap 6 bulan sekali sangat penting dilakukan agar intensitas cahaya yang masuk ke tajuk pala tetap optimal.