Pada fase Belum Menghasilkan (TBM, umur 1 hingga 6 tahun), pemupukan bertujuan untuk mempercepat pembentukan tajuk dan perakaran. Aplikasi dilakukan 2 hingga 4 kali dalam setahun, yaitu pada awal musim hujan sekitar bulan Oktober atau November dan akhir musim hujan sekitar bulan April atau Mei. Berikan pupuk organik matang sebanyak 10 hingga 20 kg per pohon per tahun yang diselingi dengan pupuk NPK secara melingkar.
Pada fase Menghasilkan (TM, umur di atas 7 tahun), fokus pemupukan bergeser untuk merangsang pembungaan dan mencegah kerontokan buah. Pemupukan dilakukan 2 kali setahun dengan menaburkan pupuk tinggi kalium dan fosfor di parit melingkar seluas 1,5 hingga 2 meter dari pangkal batang. Aplikasi ini ideal dilakukan pada pertengahan musim kemarau dan jelang pembentukan buah muda.
Pengapuran menggunakan dolomit sangat krusial dilakukan pada tanah perkebunan yang memiliki tingkat keasaman tinggi (pH di bawah 5,5). Taburkan kapur pertanian sebanyak 1 hingga 2 kg per pohon sekitar 1 bulan sebelum aplikasi pupuk utama agar penyerapan hara oleh akar tanaman pala berjalan maksimal dan mencegah keracunan asam pada jaringan akar.