Salah satu gangguan utama adalah busuk buah yang kerap menyerang tanaman pala berusia produktif di atas 6 hingga 7 tahun. Serangan ditandai dengan munculnya bercak cokelat kehitaman pada permukaan kulit buah pala yang kemudian meluas hingga daging buah membusuk dan gugur sebelum matang petik. Kerusakan ini paling masif terjadi pada bulan November hingga Februari saat curah hujan berada pada puncaknya.
Selain bagian buah, penyakit jamur akar putih dan kanker batang menjadi ancaman mematikan bagi kelangsungan hidup pohon pala. Jamur akar putih membuat daun-daun pala menguning secara perlahan, layu, dan akhirnya pohon mati berdiri. Sementara itu, kanker batang menyebabkan kulit batang membusuk, pecah, dan mengeluarkan cairan berwarna gelap yang memicu kerontokan daun secara drastis.
Pengendalian penyakit pala berfokus pada perbaikan sanitasi kebun, pangkas pemeliharaan tajuk setiap 3 bulan sekali, dan pembuatan parit drainase sedalam 40 hingga 50 cm. Pengaliran air tergenang dan pengurangan kelembapan mikro di sekitar piringan tanaman terbukti efektif menekan penyebaran spora jamur patogen di areal perkebunan.