Memasuki fase tanaman belum menghasilkan (TBM) usia 1-3 tahun, kebutuhan hara meningkat. Berikan pupuk NPK 15-15-15 sebanyak 200-300 gram per pohon setiap 3 bulan. Tambahkan pupuk organik 5-10 kg per pohon setahun sekali di awal musim hujan. Waktu terbaik pemupukan adalah pagi hari setelah hujan reda. Sebarkan pupuk melingkar selebar tajuk, lalu tutup tipis dengan tanah.
Pada fase tanaman menghasilkan (TM) usia di atas 4 tahun, dosis pupuk disesuaikan dengan produksi. Untuk kelapa dalam, berikan NPK 13-13-21 sebanyak 1-1,5 kg per pohon per tahun, dibagi 4 kali aplikasi (setiap 3 bulan). Untuk kelapa genjah, dosis 0,5-1 kg per pohon per tahun. Tambahkan pupuk KCL 200-300 gram per pohon setahun sekali untuk meningkatkan kualitas buah. Lakukan pemupukan susulan dengan pupuk daun yang mengandung boron dan seng setiap 2 bulan untuk mencegah buah keriput.
Perhatikan gejala defisiensi hara: daun kuning (kekurangan N), daun menguning tepi (kekurangan K), buah kecil (kekurangan P), atau buah keriput (kekurangan B). Jika ditemukan, segera koreksi dengan pupuk spesifik. Hindari pemupukan saat musim kemarau panjang tanpa irigasi. Selalu ikuti rekomendasi dosis pada label pupuk dan konsultasi dengan penyuluh pertanian setempat untuk hasil optimal.