Penyakit pucuk membusuk atau bud rot menjadi ancaman utama di musim hujan akibat genangan air dan kelembapan yang terjebak di pelepah muda. Gejala awalnya ditunjukkan oleh menguningnya daun termuda, diikuti dengan pembusukan jaringan titik tumbuh yang mengeluarkan bau tidak sedap. Jika dibiarkan, pucuk akan mudah copot dan pohon kelapa dipastikan mati karena tidak mampu membentuk pelepah baru.
Selain pucuk, buah kelapa muda juga rentan terserang penyakit gugur buah pentil atau fruit drop yang disebabkan oleh infeksi jamur pada tangkai buah akibat intensitas hujan tinggi. Gejala khasnya adalah munculnya bercak kebasahan pada tangkai yang berlanjut pada mengeringnya bakal buah sebelum akhirnya gugur massal. Kehilangan hasil panen bisa mencapai lebih dari lima puluh persen jika drainase kebun tidak segera dibenahi.
Langkah pengendalian di musim penghujan harus berfokus pada perbaikan sanitasi kebun dan peningkatan sirkulasi udara antar pohon kelapa. Petani disarankan untuk membersihkan pelepah kering, membuat parit drainase agar air hujan tidak menggenang di sekitar pangkal batang, dan mengaplikasikan tindakan pencegahan secara berkala. Konsultasi dengan petugas penyuluh pertanian lapangan di BPP setempat sangat dianjurkan untuk mendapatkan rekomendasi penanganan kimiawi yang tepat.