Penyebab utama klorosis atau daun menguning pada musim kemarau berkisar dari intensitas cahaya berlebih akibat pangkasan naungan yang terlalu terang hingga kekeringan tanah. Tanaman kapulaga dewasa membutuhkan kelembapan tanah yang konsisten, di mana kekurangan air selama lebih dari 7 sampai 10 hari berturut-turut dapat menyebabkan daun bagian bawah menguning dan mengering dari tepi ke tengah.
Selain faktor cuaca, serangan hama pengisap seperti tungau dan kutu daun sering meningkat pesat saat suhu udara panas dan kelembapan udara menurun. Penumpukan pupuk kimia tanpa imbangan bahan organik juga dapat merusak perakaran kapulaga, sehingga penyerapan hara makro seperti nitrogen dan magnesium terganggu.
Penanganan secara terpadu perlu dilakukan dengan memberikan air sebanyak 5 sampai 10 liter per rumpun setiap 2 hari sekali pada pagi hari, serta menambahkan mulsa organik setebal 5 hingga 10 cm di sekitar piringan tanaman. Aplikasi pupuk kompos matang sebanyak 3 sampai 5 kg per rumpun setiap 3 bulan sekali juga sangat efektif menjaga struktur tanah tetap lembap dan kaya nutrisi.